Fakultas Pertanian Universitas Muria Kudus dirintis sejak tahun 1982 dengan jurusan Budidaya Pertanian dan mendapat Status Terdaftar pada tahun 1984 berdasar SK. Mendikbud RI No. 061/0/1984. tanggal 29 Nopember 1984. Pada tahun 2005 jurusan/program studi tersebut berubah menjadi Jurusan Agronomi. Namun sejak tanggal 17 September 2008 melalui surat Direktorat Pendidikan Tinggi no. 3217/D/T/2008, Program Studi Agronomi diubah menjadi Program Studi Agroteknologi. Program Studi Agroteknologi merupakan satu-satunya program studi yang ada di Fakultas Pertanian UMK. Pada Tahun 1998 Program Studi Agroteknologi pertama kali terakreditasi BAN PT dengan peringkat C yang ditetapkan dengan SK BAN PT Nomor 002/BAN-PT/Ak-II/XII/1998 tertanggal 22 Desember 1998. Sampai saat ini Program Studi Agroteknologi mendapatkan peringkat Akreditasi B dengan ketetapan SK BAN-PT Nomor 468/SK/BAN-PT/Akred/S/XII/2014 tertanggal 15 Desember 2014.